Wat kunt u in het museum verwachten? De collectie omvat 15 bespeelbare, veelal historische, (pijp)orgels, orgelmakersgereedschap, maquettes, eeuwenoude koraalboeken en een aantal bustes van beroemde organisten. Daarnaast is er zeer veel ander orgel gerelateerd materiaal in het museum te vinden: oude concertprogramma’s, unieke briefjes die ooit in een orgelpijp werden gevonden, een enorme collectie orgelpostzegels.
De collectie laat de ontwikkeling zien van het orgel door de eeuwen heen, van de Middeleeuwen tot nu. De collectie is voor een groot deel digitaal ontsloten en te raadplegen via de volgende link: Collectie.

De rondgang begint in de kelders, waar onder de gewelven uit de 14e eeuw diverse demonstratiemodellen staan opgesteld en een orgelwerkplaats is nagebouwd. Boven zijn vier zalen gewijd aan de ontwikkeling van het Nederlandse orgel, achtereenvolgens in de 15de en 16de eeuw, de 17de en 18de eeuw, de 19de eeuw, en de 20ste eeuw tot heden. Ook wordt er aandacht besteed aan Nederlandse orgelbouwers en organisten. Een apart vertrek is gewijd aan Nederlandse organisten sinds Jan Pieterszoon Sweelinck (1562-1621). Daar is ook een kastenwand ingericht met een unieke collectie historische koraalboeken.

Achter de cortenstalen gevel van de Gert Boonzaal op de binnenplaats – in de loop der tijd stadsboerderij, gevangenis, brandweerkazerne en pakhuis geweest – bevindt zich het grote Leeflangorgel in de kleurige structuralistische kas van Gert Boon (1921-2009). Behalve als concertzaal functioneert de Gert Boonzaal ook als tentoonstellingsruimte.

De bibliotheek is te raadplegen middels de link: Bibliotheek.